Когда-то на этом месте располагалось Козье болото (в честь которого получили своё название Большой и Малый Козихинские переулки). По одной из версий, Козьим болото называлось от находившегося поблизости Козьего двора, с которого отправлялась шерсть к царскому и партиаршему дворам. Из Козьего болота вытекал ручей Черторый.
Издавна в этих местах паслись козы, но как-то, при загадочных обстоятельствах, вблизи болот стали пропадать люди. Кто-то говорил, что видел черного козла, кто-то считал, что это большой кит затягивает людей в болото, но, несмотря на различность теорий, люди побаивались этих мест, обходили их стороной. прекрастились исчезновения лишь тогда, когда это место стало патриаршей резиденцией.
В начале XVII века это место для своей резиденции выбрал Патриарх Гермоген и на месте болота появилась Патриаршая Слобода. В 1683—1684 годах Патриарх Иоаким для осушения болот и разведения рыбы к патриаршему столу распорядился вырыть три пруда. До наших дней сохранился лишь один.

Здесь Берлиоз попал под трамвай, «поворачивающий по новопроложенной линии с Ермолаевского на Бронную, (…) и под решетку Патриаршей аллеи выбросило на булыжный откос круглый темный предмет. Скатившись с этого откоса, он запрыгал по булыжникам Бронной. Это была отрезанная голова Берлиоза». Однако на описанном в романе месте трамвайных путей никогда не было.
Ближайший к Патриаршим прудам трамвай проходил по Садовой улице, где в доме № 10 находилась «нехорошая» первая московская квартира Булгакова № 50.

Патриаршие пруды -
Утки около воды
Замерли.
Ветер песенку поёт,
Уткам грезится полёт
За море.
Уткам скоро улетать:
Здесь так холодно и так
Голодно.
Над прудами тает день,
Тает день, витает тень
Воланда.

К Патриаршему пруду
На скамеечку приду
К бабушкам.
Ни русалок, ни наяд,
Лишь стареющий ноябрь
Рядышком.
В свете меркнущего дня
Вдруг опутает меня
Оторопь,
И проступят из воды
Бывшей Козьей слободы
Контуры.

И уже я не живу,
И как будто наяву
Снится мне,
Что, летя в желанный ад,
Маргарита кружит над
Сивцевым.
Хвост поднявши, словно меч,
Бегемот толкает речь
Тронную,
И прогнулась у стены
Под пятой у Сатаны
Бронная.

От подобнейших чудес,
Может, кто бы и полез
На стену,
Для меня же благодать,
Да вот только не видать
Мастера.
В той долине теневой
Да пребудут для него
Зорькою
Патриаршие пруды,
Как награда за труды
Горькие.

Вечер, отходя ко сну,
Красной по небу мазнул
Пастою.
Оградят ли от беды
Патриаршие пруды
Нас с тобой?
Оцарапав, как иглой,
Что-то на сердце легло
Камушком...
То ли вспомнил про дела,
То ли масло пролила
Аннушка.

В. Егоров  1987

Это не совсем рядом, Патриаришие в р-не метро Баррикадная или Маяковская.

Неподалеку от Садово-Кудринской ул.

Дом № 10 по Большой Садовой был построен в 1902-1903 годах по проекту архитекторов Э. С. Юдицкого и А.И. Милкова в модном в начале века стиле модерн. Хозяином участка и дома был московский купец, владелец и ныне существующей табачной фабрики «Дукат» Илья Давыдович Пигит. Первоначально дом проектировался как производственный корпус, а затем, из-за запрета городских властей строить фабрику вблизи церкви св. Ермолая и в пределах Садового кольца, был перестроен под доходный дом «покоем», как описывал его Булгаков.
Здесь, в доме Пигита, известном своей меценатской деятельностью, квартировали художники, артисты, врачи. Четырёхэтажный корпус с эркером в глубине двора был специально спроектирован под студии художников.
В 1910 году в квартире № 24 поселился знаменитый художник Пётр Петрович Кончаловский (1876-1956) со своей семьёй — женой Ольгой Васильевной и детьми. Мастерская Кончаловского располагалась в квартире № 40. В ней так же неоднократно бывал в гостях и работал В. И. Суриков.
А этажом ниже, прямо под мастерской П. П. Кончаловского в квартире № 38, была мастерская театрального художника Георгия Якулова (1884-1928). Именно здесь в начале ХХ века Пётр Кончаловский и Аристарх Лентулов вместе с Георигием Якуловым создали творческое объединение «Бубновый валет».В этой мастерской познакомились Сергей Есенин и Айседора Дункан.
В 20-е годы мастерская художника стала своего рода салоном для творческой интеллигенции. Кто только ни успел здесь побывать! Часто заходили Василий Качалов, Всеволод Мейерхольд, Александр Таиров, Андрей Белый, Алиса Коонен, Фёдор Сологуб, Анатолий Луначарский… Именно эта бурная богемная жизнь стала источником для сплетен других обитателей коммуны. Студию считали борделем, а его хозяйкой — экстравагантную супругу Якулова Наталию Юльевну Шифф. Эти домыслы Булгаков позже использовал при работе над «Зойкиной квартирой».
В квартире № 36, расположенной под мастерской Г. Якулова , располагалась студия фон Бооля. С 1933 года в этой квартире работают скульпторы династии Рукавишниковых.
В июне 1917 года доходный дом Пигита приобрело Московское Благушинское Домовладельческое Акционерное общество.
После революции здание стало одним из первых в Москве рабочих домов-коммун, где управление и обслуживание было передано общественности . В рассказе М. А. Булгакова «№ 13-Дом Эльпит-Рабкоммуна» этот поворот в судьбе дома отражен очень ярко. Квартиры превратились в коммуналки. Особенно не повезло левому крылу дома, как раз тому, куда в 1921 году въехали Булгаковы. До революции несколько квартир здесь были перепланированы под общежитие Высших женских курсов. В итоге образовались гигантские коммунальные квартиры по 9-10 комнат. Одну из таких комнат посередине длинного коридора и занимал Булгаков с 1921 по 1924 год.

Но  интересна и современная история "Нехорошей квартиры".
После публикации "Мастера и Маргариты" сюда началось настоящее паломничество молодых людей. Девушки мечтая о вселенской любви, покупали мимозы и приходили в "нехорошую квартиру" просить  счастья у потусторонних сил.
Вот как писала в своей стстье об этом времени журналистка Ярослава Танькова:
В то время дом был расписан даже снаружи. Первым бросался в глаза огромный портрет Маргариты в черной шляпе и с букетом желтых нарциссов, а не мимозы. Ведь нарциссы тоже появляются «одними из первых», как написано в романе. В подъезде же был исписан даже потолок: цитаты, глубокомысленные изречения, предсмертные записки, признания, мольбы о любви... Я поднималась на пятый этаж, читала и плакала от избытка чувств. Ощущение чуда здесь было таким густым и «намоленным», что его можно было резать кусками, как торт.
Его чувствовали почти все, кто приходил тогда в этот подъезд. И многие становились его постоянными обитателями, членами тайного общества «детей духа Булгакова». На лестнице постоянно «зависали» стихийные тусовки. Мы сидели на ступенях, пели Чижа, Цоя и рассуждали о тщете всего сущего, пока вызванная соседями милиция не разгоняла нас. Но мы снова возвращались.
Для посещения подъезда были свои традиции. У порога надо было задумать вопрос и, поднимаясь по ступеням, смотреть в пол, а потом в какой-то момент поднять взгляд на стену. Надпись, которую увидишь первой, - ответ. А еще в соответствии с изречением «стучите, и вам откроют» надо было постучать в дверь. Она была двустворчатая, деревянная, высоченная, покрытая кружевом письмен, и всегда заперта. Все знали, что там никто не живет, но в душе каждый надеялся, что однажды дверь откроет кто-то из «свиты», и с этого момента начнется новая жизнь.
Однажды поздним вечером я в полном одиночестве забрела в подъезд, поднялась, как водится, постучала в дверь... А она открылась! На пороге стоял некто длинный и худой. Треснувшего пенсне не было, но моя фантазия его дорисовала.
- Тебе чего? - спросил он.
- Зайти в гости, посмотреть... - пролепетала я в полуобморочном состоянии.
- Ну заходи, - сказал длинный и растворился во тьме огромной квартиры.
Самое интересное, что я до сих пор понятия не имею, кто это был. На мой вопрос «А ты кто?» он таинственно улыбался и отвечал: «А ты как сама думаешь?» Через полчаса пришли другие люди, с которыми я познакомилась благодаря тому, что была уже в квартире. А тот длинный исчез, и больше я ни разу его не видела".

Я еще застала это "буйство" на стенах - я пришла в нехорошую квартиру,  после первого прочтения романа, мне было 12 лет. И почему-то мне там очень понравилось - и эти стихийные надписи и рисунки на стеных (помню, когда походила к подъезду - первая фраза которую прочла на входной двери - "Что делало бы твое добро без моего зла?".
Полазила там немного,  да и пошла дальше - искать подвал Мастера...

Нина,спасибо, я рада, что понравилось!

Теперь перехожу к подвалу Мастера
"Выиграв сто тысяч, загадочный гость Ивана поступил так: купил книг, бросил свою комнату на Мясницкой... (...) Нанял у застройщика две комнаты в подвале маленького домика в садике.
- Ах, это был золотой век,- блестя глазами, шептал рассказчик,- совершенно отдельная квартирка, и еще передняя, и в ней раковина с водой,- почему-то особенно горделиво подчеркнул он,- маленькие оконца над самым тротуарчиком, ведущим от калитки. Напротив, в четырех шагах, под забором, сирень, липа и клен".

Сразу хотелось бы сказать - точной версии, где мог находитья этот подвал не существует, об этом по сей день спорят исследователи. Однако большинство из них склоняется к мнению, что подвал Мастера находился в доме по адресу Мансуровский переулок 9.

Я подвал мастера впервые увидела в мае - был дождивый день,  и во дворе дома цвела сирень - и в воздухе остро пахло этой мокрой сиренью - очень хорошо это помню...

"Она приходила ко мне каждый день, а ждать ее я начинал с утра.  За десять минут я
садился к оконцу и  начинал прислушиваться, не стукнет ли ветхая  калитка. И
как курьезно:  до встречи моей  с нею в наш дворик мало кто приходил, просто
сказать, никто не приходил, а теперь мне казалось, что весь город устремился
в него. Стукнет калитка, стукнет сердце, и, вообразите, на уровне моего лица
за  оконцем обязательно чьи-нибудь грязные сапоги. Точильщик. Ну, кому нужен
точильщик в нашем доме? Что точить? Какие ножи?
     Она входила в калитку один раз, а биений сердца до этого я испытывал не
менее десяти. Я не лгу. А  потом, когда приходил ее час и стрелка показывала
полдень, оно даже и не переставало стучать до тех пор, пока без стука, почти
совсем   бесшумно,  не  равнялись   с  окном   туфли  с  черными   замшевыми
накладками-бантами, стянутыми стальными пряжками.
     Иногда она  шалила и, задержавшись у второго оконца, постукивала носком
в стекло. Я  в ту же  секунду оказывался  у  этого окна, но  исчезала туфля,
черный шелк, заслоняющий свет, исчезал, -- я шел ей открывать."

Спасибо, Делия!

Теперь - Особняк Маргариты
"Маргарита Николаевна со своим мужем вдвоем занимали весь верх прекрасного особняка в саду в одном из переулков близ Арбата. Очаровательное место!"

"Пролетев по своему переулку, Маргарита попала в другой, пересекавший первый под прямым углом. Этот заплатанный, заштопанный, кривой и длинный переулок с покосившейся дверью нефтелавки, где кружками продают керосин и жидкость от паразитов во флаконах, она перерезала в одно мгновение… Третий переулок вел прямо к Арбату".

Здесь еще  сложнее, чем с подвалом Мастера. Точное место неизвестно и на сей раз и существует 2 основные версии:

1. По местоположению:
С какой стороны Арбата находился особняк, с правой или с левой? "Она пересекла Арбат, поднялась выше, к четвертым этажам, и мимо ослепительно сияющих трубок на угловом здании театра проплыла в узкий переулок с высокими домами". Итак, чтобы попасть к театру, ей пришлось пересечь Арбат, значит, особняк находится с противоположной стороны. Театр на Арбате только один - театр Вахтангова, и стоит он на правой от центра стороне Арбата, значит, искать надо в переулках, расположенных слева от Арбата. Разделим эти переулки пополам и попробуем определить, в какой части надо искать: ближе к центру или ближе к Садовому кольцу? Чтобы попасть в переулок, на углу которого стоит театр, Маргарита проплыла мимо здания театра, следовательно, она летела от центра. Отпало уже три четверти переулков. Еще мы знаем, что искомый переулок третий от Арбата. Отбросим тогда все первые, вторые и четвертые от улицы Арбат переулки. Осталось всего три: Большой Власьевский,Малый Власьевский и переулок Аксакова.
А где была нефтелавка? Вновь поднимаем довоенные справочники. Нефтелавок в этой части Арбата оказалось три, а в зоне поиска лишь одна: нефтелавка № 34 в Сивцевом Вражке, дом 22. А вот и особняк! Малый Власьевский, дом 12. Действительно прекрасный, двухэтажный, каменный, с пышным садом, чугунной решеткой и воротами. Проверяя еще раз, пройдем по маршруту полета Маргариты. Выходим (а жаль, что не вылетаем) через ворота в первый переулок, пересекаем мимо места нефтелавки второй - Сивцев Вражек и через третий, Калошин переулок, выходим прямо на Арбат.  мы около театра!

Одно только обстоятельство не укладывается в легенду: особняк не готический и фонаря с трехстворчатым окном не видно.

2. По описанию:
существует альтернаятивная версия прочтения романа, ее автор Альфоред Барков. Не буду сейчас приводить здесь ход поисков,  так как он достаточно долог,  скажу лишь, что путем сложных исследований, автор пришел к выводу, что особняк Маргариты - это д.17 ул Спиридоновка.
Возможно, Булгаков здесь решил объединить два дома в один: первый – это дом, который выглядит «правильно», но с другим местоположением. А второй – это дом, который выглядит по-другому, но зато находится там, где и должен быть.
Особняк очень красивый и безусловно с элементами готики, в отличие от всех остальных претендентов. Он построен в 1898 году по проекту академика архитектуры Шехтеля для миллионера Саввы Морозова.

Савва Морозов был влюблен в актрису Марию Федоровну Андрееву (сценический псевдоним; по паспорту — М.Ф. Желябужская).  она бывала в этом особняке.  Но миллионеру Морозову она предпочла  писателя,  а именно - Максима Горького.
Морозов застраховал свою жизнь на 100 тыс. рублей,  в 1905 году покончил жизнь самоубийством. А страховую премию завещал он Андреевой, в то время — одной из ведущих актрис Художественного театра. Вступив в права наследования, Андреева использовала 10 тысяч на выплаты по обязательствам Горького. Вот такая история (есть некоторая параллель - романе Мастер выиграл в лотерею 100 тыс. рублей. Когда он почувствовал, что с ним происходит что-то плохое, он все оставшиеся от 100 тыс. деньги, а именно - 10 тыс., отдал Маргарите).